Quyền tự chủ và tự chịu trách nhiệm là hai mặt của một vấn đề không thể tách rời. Tăng cường quá quyền tự chủ mà không đặt yêu cầu về tự chịu trách nhiệm sẽ có nguy cơ dẫn đến vô chính phủ, giảm sút chất lượng, chạy theo lợi ích trước mắt. Ngược lại, tăng cường sự chịu trách nhiệm mà hạn chế quyền tự chủ sẽ trói buộc các cơ sở đại học, không tạo ra động lực và cơ chế cho sự vận hành tự nhiên, hạn chế sự mềm dẻo, linh hoạt, khả năng đáp ứng yêu cầu đa dạng của xã hội. Duy trì sự can thiệp đúng mức của nhà nước thông qua các công cụ pháp lý, quy chế, tài chính để rồi từ bỏ dần sự can thiệp trực tiếp vào quản lý vi mô, tăng quyền tự chủ cho các cơ sở giáo dục và đào tạo.