Luận văn tiến hành dự đoán quá trình tiến hóa của vi-rút HIV qua 14 đột biến kháng thuốc với dữ liệu gồm 396 bệnh nhân được thu thập trên cơ sở dữ liệu kháng thuốc HIV của trường Đại học Standford2 . Với dữ liệu từ năm 2005 đến nay, nhiều đột biến kháng thuốc mới xuất hiện cũng như nhiều loại thuốc mới ra đời. Để thực hiện mô hình, phạm vi nội dung của luận văn đã tiến hành kiểm định lại ba giả thiết của Niko Beerenwinkel và nhận thấy chúng vẫn đúng với bộ dữ liệu lớn hơn và mới hơn. Mặc dù, quá trình tiến hóa của vi-rút HIV vẫn được phân tích dựa trên việc sử dụng thuốc efavirenz của nhóm NNRTIs, tuy nhiên với bộ dữ liệu mới này, cây phát sinh chủng loại được xây dựng lại với các nhánh lớn hơn, số các phụ thuộc giữa các nút đại diện cho các đột biến cũng nhiều hơn. Với giả thiết các đột biến xuất hiện theo thời gian tuân theo quá trình Poisson, luận văn cũng đã đưa ra dự đoán các thời điểm xuất hiện các đột biến kháng thuốc trong các phác đồ điều trị có sử dụng efavirenz.