Thông qua phân tích nội dung tác phẩm Khổng Tử học thuyết, bài viết chỉ ra rằng Lê Văn Hòe là một trong những học giả đầu tiên vận dụng phương pháp khảo chứng học vào nghiên cứu Nho giáo ở Việt Nam đầu thế kỉ XX. Với phương pháp này, tác giả Khổng Tử học thuyết đã khảo cứu và làm rõ tính chất thật/giả của các thư tịch Nho giáo, qua đó khẳng định muốn hiểu đúng tư tưởng Khổng Tử phải căn cứ vào Luận ngữ. Đây là cơ sở Lê Văn Hòe phê bình phương pháp nghiên cứu Nho giáo của Trần Trọng Kim (trong Nho giáo) và Đào Duy Anh (trong Khổng giáo phê bình tiểu luận). Trên cơ sở so sánh nội dung Khổng Tử học thuyết với Nho giáo và Khổng giáo phê bình tiểu luận, bài viết làm rõ sự khác biệt về phương pháp và kết quả nghiên cứu tư tưởng Khổng Tử giữa Lê Văn Hòe với Trần Trọng Kim và Đào Duy Anh. Đồng thời, bài viết cũng chỉ ra điểm tương đồng, khác biệt về quan điểm và phương pháp nghiên cứu Nho giáo giữa Lê Văn Hoè với Hồ Thích - người mở đầu xu hướng vận dụng phương pháp khảo chứng học vào nghiên cứu Nho giáo ở Trung Quốc đầu thế kỉ XX.