Để có thể kiểm soát tốt trong việc quản lý ngân sách nhà nước mà đặc biệt là quản lý thu thuế các đối tượng nộp thuế trên địa bàn quận Phú Nhuận, việc xây dựng một hệ thống kiểm soát nội bộ vững mạnh trong công tác kiểm tra thuế là cần thiết. Qua nghiên cứu, bằng phương pháp nghiên cứu định tính với các kỹ thuật cụ thể như kỹ thuật thống kê mô tả; phương pháp tổng hợp; phương pháp so sánh, đối chiếu; phương pháp phân tích, đồng thời sử dụng kết hợp dữ liệu sơ cấp, dữ liệu thứ cấp, nghiên cứu đã giải quyết các mục tiêu nghiên cứu gồm: Thứ nhất, xác định những vấn đề tồn tại của hệ thống kiểm soát nội bộ trong công tác kiểm tra thuế tại chi cục thuế quận Phú Nhuận, nêu được những ưu điểm, hạn chế và dự đoán nguyên nhân gây nên hạn chế trong hệ thống này; Thứ hai, dựa trên các nguyên nhân đã dự đoán, nghiên cứu thực hiện khảo sát và phân tích kết quả khảo sát nhằm kiểm định các nguyên nhân dẫn đến các vấn đề tồn tại của hệ thống kiểm soát nội bộ trong công tác kiểm tra thuế tại chi cục thuế quận Phú Nhuận. Điều này là cần thiết và là căn cứ quan trọng để tác giả đề xuất các giải pháp hoàn thiện. Cuối cùng, nghiên cứu đề xuất các giải pháp và kế hoạch nhằm hoàn thiện hệ thống kiểm soát nội bộ trong công tác kiểm tra thuế tại chi cục thuế quận Phú Nhuận cũng như kế hoạch thực hiện các giải pháp này trong thời gian tới. Tác giả mong rằng, kết quả nghiên cứu của đề tài này sẽ góp phần hoàn thiện hơn nữa nghiên cứu về hoàn thiện hệ thống kiểm soát nội bộ công tác kiểm tra thuế tại chi cục thuế quận Phú Nhuận.