Xây dựng chính quyền đô thị trước hết là nhằm tinh gọn bộ máy, nâng cao năng lực tự chủ, tự chịu trách nhiệm, hiệu quả quản lý nhà nước. Theo đó, TP. HCM lựa chọn mô hình chính quyền đô thị tại TP. HCM với việc thành lập mô hình thành phố trong thành phố và không tổ chức HĐND quận, phường. Có thể nói với việc thành lập Thành phố Thủ Đức - đây là lần đầu tiên trong cả nước thành lập đơn vị hành chính là thành phố thuộc thành phố trực thuộc Trung ương. Với thuận lợi trong việc thành lập mô hình “thành phố trong thành phố” xuất phát từ sự cụ thể hóa trong Hiến pháp năm 2013 và quy định của Luật Tổ chức chính quyền địa phương về việc hình thành mô hình này trên thực tế. Tuy nhiên, vì là mô hình mới, chưa có tiền lệ từ trước đến nay, Thành phố Thủ Đức rất cần thêm nhiều cơ chế nhằm tạo nên bộ máy quản lý nhà nước thống nhất, đồng bộ, hiện đại phát huy tính chủ động trong việc khai thác có hiệu quả các nguồn lực và thế mạnh sẵn có tại địa phương.